Cara, abandona o ScpToolkit. O programa tá obsoleto e não é recomendado nem mesmo pelo próprio criador. Use o DsHidMini junto com o BthPS3 (opcional) caso queira usar controles de PlayStation 3 no Windows.
Quanto ao seu problema, tenta rodar o Legacinator (ferramenta do mesmo autor) para remover todos os vestígios do ScpToolkit, caso falhe, remova manualmente seguindo esses passos…