Acredito que a principal diferença seja na implementação, NVMe se comunica através do barramento PCI Express, enquanto o UFS utiliza o barramento M-PHY.
Fiz uma pesquisa por cima e a Apple adotou o NVMe na época do iPhone 6S, nesse período o UFS ainda não estava tão “maduro”, visto que a versão mais recente do padrão na época (UFS 2.0) apresentava números bem modestos se comparado com o armazenamento NVMe customizado que foi adotado no iPhone 6S e outros dispositivos da Apple lançados no mesmo período.
Nesse meio tempo, no entanto, o padrão UFS evoluiu, em sua versão mais recente (3.1), consegue entregar resultados similares e em alguns casos isolados até superiores ao NVMe, então não sei se dá pra definir um padrão “vencedor”. Suponho que a Apple mantém o uso do NVMe por já possuir anos de experiência com o padrão e porque não deve ser simples migrar para o UFS, o que também não faria muito sentido considerando que ambos os padrões hoje entregam resultados similares…
Encontrei vários resultados neste benchmark. O teste é multi-plataforma e, embora não tenha encontrado o app para iOS, a lista de resultados contém testes feitos no iPhone XS, X, 7 e 6S Plus…