Pessoal, desculpa a falta de atualização mas consegui resolver o problema. E ele vinha de algo que eu nem sabia que impactava tanto: PJE-Office habilitado na inicialização.
O PJE-Office é um assinador digital para acessar o PJE (Portal Judiciário Eletrônico) dos Tribunais, e é um applet java - com diversos problemas, um deles: atualização infinita em loop e atualizador que não identifica a versão instalada e sugere atualizações novas todo momento - e com ele habilitado o notebook demorava 3 minutos e 48 segundos para inicializar o Windows. Porque? Não consegui identificar.
Mas agradeço todas as dicas de todos, e com certeza, vou investir num SSD para deixar o note melhor para uso. 